通勤手当は、所得税法上月額100,000円までであれば、非課税所得とされています。

しかし、勤務先より離れたところから通勤している場合など上限の10万円を超えてしまう
ことがあると思われます。
この場合、10万円を超える部分はその従業員に対する「給与」となります。
さて、10万円を越える給与課税となってしまった部分の消費税はどうなるのでしょうか?

所得税法上で給与を支払ったこととされる部分の金額に係る消費税は、
消費税法上も給与を支払ったものとして「不課税」となり、課税仕入れの対象には
ならないのではないかと思われてしまいます。
 しかし、実際には、通勤交通費は業務の必要に基づく支出の実費弁償であるとともに
、事業者が課税仕入れの対象となる交通費を購入し、従業員等に対して交付したものと
同様であると考えられることから、支給した通勤手当がたとえ10万円を超えている場合
であっても現に通勤の費用にあてられているのであれば、全額が課税仕入れの対象と
なる。(消基通11-2-2)
 なお、電車の特別車両料金も通勤手当に含めて支給した場合、所得税法上は、「経済的
かつ合理的と認められる通常の通勤の経路及び方法による運賃等の額」には含まれない
ため、給与として課税の対象になるが、消費税法上はこの車両特別料金についても
課税仕入れの対象となります。

文責:中山 亜希子