創業融資を前提にして両者の制度を比較してみます。
まず、申し込みの期間を比べてみましょう。

制度融資は都道府県により若干の違いがあるので、
申し込みの際は必ず確認をしていただきたいのですが、
その違いは微妙です。
ここでは東京都の制度融資を例にしています。

日本政策金融公庫「新創業融資」があり、
これは、「開業前または事業開始後税務申告を2期終える前まで」でです。

制度融資の「創業」は、
「開業前または事業開始5年まで」となっており、制度融資のほうが申し込み期間が長くなっています。